Abstract
Motivation: Here, we make available a second version of the BioTIME database, which compiles records of abundance estimates for species in sample events of ecological assemblages through time. The updated version expands version 1.0 of the database by doubling the number of studies and includes substantial additional curation to the taxonomic accuracy of the records, as well as the metadata. Moreover, we now provide an R package (BioTIMEr) to facilitate use of the database. Main Types of Variables Included: The database is composed of one main data table containing the abundance records and 11 metadata tables. The data are organised in a hierarchy of scales where 11,989,233 records are nested in 1,603,067 sample events, from 553,253 sampling locations, which are nested in 708 studies. A study is defined as a sampling methodology applied to an assemblage for a minimum of 2 years. Spatial Location and Grain: Sampling locations in BioTIME are distributed across the planet, including marine, terrestrial and freshwater realms. Spatial grain size and extent vary across studies depending on sampling methodology. We recommend gridding of sampling locations into areas of consistent size. Time Period and Grain: The earliest time series in BioTIME start in 1874, and the most recent records are from 2023. Temporal grain and duration vary across studies. We recommend doing sample-level rarefaction to ensure consistent sampling effort through time before calculating any diversity metric. Major Taxa and Level of Measurement: The database includes any eukaryotic taxa, with a combined total of 56,400 taxa. Software Format: csv and. SQL.
| Original language | English |
|---|---|
| Article number | e70003 |
| Journal | Global Ecology and Biogeography |
| Volume | 34 |
| Issue number | 5 |
| DOIs | |
| Publication status | Published - May 2025 |
UN SDGs
This output contributes to the following UN Sustainable Development Goals (SDGs)
-
SDG 14 Life Below Water
Keywords
- assemblage
- biodiversity
- community
- database
- ecoinformatics
- species
- taxa
- time
Fingerprint
Dive into the research topics of 'BioTIME 2.0: Expanding and Improving a Database of Biodiversity Time Series'. Together they form a unique fingerprint.Cite this
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}
In: Global Ecology and Biogeography, Vol. 34, No. 5, e70003, 05.2025.
Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
TY - JOUR
T1 - BioTIME 2.0
T2 - Expanding and Improving a Database of Biodiversity Time Series
AU - Dornelas, Maria
AU - Antão, Laura H.
AU - Bates, Amanda E.
AU - Brambilla, Viviana
AU - Chase, Jonathan M.
AU - Chow, Cher F.Y.
AU - Fontrodona-Eslava, Ada
AU - Magurran, Anne E.
AU - Martins, Inês S.
AU - Moyes, Faye
AU - Sagouis, Alban
AU - Adu-Acheampong, Samuel
AU - Acquah-Lamptey, Daniel
AU - Adam, Dušan
AU - Ajani, Penelope A.
AU - Albaina, Aitor
AU - Almaraz, Pablo
AU - An, Jeongseop
AU - Anderson, Roger Sigismund
AU - Anderson, Madelaine Jean Robertson
AU - Antunes, Alexsander Z.
AU - Arismendi, Ivan
AU - Armbrecht, Linda
AU - Aros-Mardones, Pedro
AU - Ashtamoorthy, Sreejith Kalpuzha
AU - Ayyappan, Narayanan
AU - Badihi, Gal
AU - Bailey, Joseph J.
AU - Baird, Andrew H.
AU - Baird, Mark Edward
AU - Balakrishnan, Sreekumar Vadakkethil
AU - Barão-Nóbrega, José António L.
AU - Barash, Adi
AU - Barbosa, Miguel
AU - Barlow, Jos
AU - Bässler, Claus
AU - Beaumont, Matthieu
AU - Beenaerts, Natalie
AU - Begot, Tiago Octavio
AU - Beiroz, Wallace
AU - Beldade, Ricardo
AU - Bell, David M.
AU - Bellgrove, Alecia
AU - Belmaker, Jonathan
AU - Benedetti-Cecchi, Lisandro
AU - Benkwitt, Cassandra E.
AU - Berkum, Pamela Medina van
AU - Bestelmeyer, Brandon T.
AU - Betts, Matthew G.
AU - Billah, Maxwell Kelvin
AU - Bjorkman, Anne D.
AU - Błażewicz, Magdalena
AU - Bloch, Christopher P.
AU - Blowes, Shane A.
AU - Bode, Antonio
AU - Bogoni, Juliano A.
AU - Bolger, Thomas
AU - Bonebrake, Timothy C.
AU - Bonsdorff, Erik
AU - Bottarin, Roberta
AU - Brokensha, Luke N.
AU - Brooker, Rob W.
AU - Brooks, Andrew J.
AU - Bruelheide, Helge
AU - Bueno, Thiago Almeida
AU - Laguionie, Claire
AU - Campagnoli, Mariana Lopes
AU - Cant, James
AU - Caramaschi, Erica Pellegrini
AU - Caron, Alexandre
AU - Carroll, Tadhg
AU - Caruso, Tancredi
AU - Carvajal-Quintero, Juan
AU - Castaldelli, Giuseppe
AU - Castañeda-Moya, Edward
AU - Castilho, Pedro V.
AU - Cechin, Sonia Zanini
AU - Chaikin, Shahar
AU - Chandrashekara, Uchangi Manjunatha
AU - Chase, Tory J.
AU - Chen, Chaolun Allen
AU - Cherem, Jorge José
AU - Choi, Sei Woong
AU - Christensen, Erica M.
AU - Christianini, Alexander V.
AU - Chu, Jackson Wing Four
AU - Coad, Peter
AU - Van Colen, Carl
AU - Comte, Lise
AU - Cooper, Elisabeth J.
AU - Cornelissen, J. Hans C.
AU - Cosson, Eddy
AU - Cotano, Unai
AU - Crevecoeur, Luc
AU - Crow, Shannan Kyle
AU - Cumming, Graeme S.
AU - Daga, Vanessa S.
AU - Damasceno, Gabriella
AU - Daskalova, Gergana N.
AU - Davies, Claire H.
AU - Davis, Robert A.
AU - Day, Frank P.
AU - De-La-Zerda, Sussy
AU - Deacon, Amy Elizabeth
AU - de Castro-Arrazola, Indradatta
AU - Degraer, Steven
AU - Deonarinesingh, Kharran
AU - Diaz-Ricaurte, Juan C.
AU - Dickman, Christopher R.
AU - Dirilgen, Tara
AU - Dolan, Ciaran John
AU - Duffy, J. Emmett
AU - Dunn, Timothy E.
AU - Durigan, Giselda
AU - Dwyer, Ciara
AU - Earl, Stevan
AU - Edelist, Dor
AU - Edgar, Graham John
AU - Edmondson, Sally
AU - Elgin, Ashley K.
AU - Ellingsen, Kari Elsa
AU - Elmendorf, Sarah C.
AU - Eriksen, Ruth S.
AU - Ernest, S. K.Morgan
AU - Escribano, Ruben
AU - Eterovick, Paula Cabral
AU - Evans, Brian S.
AU - Everett, Jason D.
AU - Evtimova, Vesela
AU - Exton, Dan A.
AU - Fairbairn, Andrew J.
AU - Fantacini, Felipe Moreli
AU - Farah, Fabiano Turini
AU - Farneda, Fábio Zanella
AU - Favila, Mario E.
AU - Fernandez-Fournier, Philippe
AU - Fernández-Zapata, Braulio
AU - Ferreira, Diogo F.
AU - Ferronato, Carola
AU - du Feu, Christopher R.
AU - Fidelis, Alessandra
AU - Fifield, David A.
AU - Filho, Vilmar Picinatto
AU - Filho, Walter Mesquita
AU - Fitt, Robert N.L.
AU - Flechtmann, Carlos A.H.
AU - Fraser, William R.
AU - Fraser, Donna L.
AU - Freixas, Lídia
AU - Fryxell, John
AU - Fundakowski, Garrett J.
AU - Gabara, Scott Stanley
AU - Gallois, Elise
AU - Criado, Mariana García
AU - García-Berthou, Emili
AU - Garrabou, Joaquim
AU - Gates, Andrew R.
AU - Gatti, Roberto Cazzolla
AU - Gavioli, Anna
AU - Gavriel, Tal
AU - Gendreau-Berthiaume, Benoit
AU - Giam, Xingli
AU - Gjerdrum, Carina
AU - Glemnitz, Michael
AU - Godbold, Jasmin Annica
AU - Gómez-Gras, Daniel
AU - Gonçalves, Rodrigo Barbosa
AU - Goold, Andy
AU - Gordon, Richard R.
AU - Goren, Menachem
AU - Goulart, Fernando Vilas Boas
AU - Gould, William A.
AU - Grabowski, Meagan M.
AU - Graham, Nicholas A.J.
AU - Graipel, Maurício Eduardo
AU - Grange, Laura J.
AU - Greenville, Aaron C.
AU - Grossman, Gary D.
AU - Guinder, Valeria A.
AU - Haase, Peter
AU - Haskins, Gary N.
AU - Havstad, Kris
AU - Hermanutz, Luise
AU - Hickford, Michael Julian Hames
AU - Hidalgo, Pamela
AU - Higuchi, Pedro
AU - Hoey, Andrew S.
AU - Van Hoey, Gert
AU - Hofgaard, Annika
AU - Holeck, Kristen T.
AU - Hollister, Robert D.
AU - Holmes, Richard T.
AU - Hoogenboom, Mia Odell
AU - Hortal, Joaquín
AU - Horton, Tammy
AU - Hsieh, Chih hao
AU - Huffard, Christine L.
AU - Huikkonen, Ida Maria
AU - Hurlbert, Allen H.
AU - Hynes, Julian
AU - Irz, Pascal
AU - Macedo Ivanauskas, Natalia
AU - Iwayama, Akemi
AU - James, Darren K.
AU - Jandt, Ute
AU - Jażdżewska, Anna M.
AU - Jocque, Merlijn
AU - Johnston, Sophie T.
AU - Jones, Samuel E.I.
AU - Jones, Faith A.M.
AU - Jones, Julia A.
AU - Jucevica, Edite
AU - Kagainis, Ugis
AU - Kagami, Maiko
AU - Kang, Jungwon
AU - Ke, Xuejia
AU - Keeley, Erin Colleen
AU - Kinnear, Rebecca
AU - Klanderud, Kari
AU - Klinck, Uwe
AU - van Klink, Roel
AU - Klotz, Stefan
AU - Knockaert, Carolien
AU - Knutsen, Halvor
AU - Koivula, Matti
AU - Kortz, Alessandra
AU - Kriegel, Peter
AU - Kuo, Chao Yang
AU - Kushner, David J.
AU - Kyerematen, Rosina
AU - Lagarde, Raphaël
AU - Lancaster, Lesley T.
AU - Landau, Ori Frid
AU - Van Landuyt, Wouter
AU - Larson, Eric R.
AU - Lazarus, Mai
AU - Lee, Cheol Min
AU - Lefcheck, Jonathan S.
AU - Lembrechts, Jonas J.
AU - Ferreira de Lima, Renato A.
AU - Lima, Romullo Guimarães
AU - Lima, Nathália G.S.
AU - Linares, Cristina
AU - Lindstrom, Sandra C.
AU - Lloret, Francisco
AU - Lloyd, John David
AU - Lobato, Cleonice Maria Cardoso
AU - Lodge, David M.
AU - Long, Peter Richard
AU - López-Abbate, Celeste
AU - López-Baucells, Adrià
AU - Louzada, Julio
AU - Louzao, Maite
AU - Lugliè, Antonella
AU - Luiz, Micheli Ribeiro
AU - Macdonald, S. Ellen
AU - Madin, Joshua S.
AU - Magalhães, André Lincoln Barroso
AU - Mahabir, Rajindra
AU - Maphisa, David
AU - Martin, Thomas Edward
AU - Martins, Marcio
AU - Martone, Patrick T.
AU - Matesanz, Silvia
AU - Matsuzaki, Shin ichiro S.
AU - Matthews, Thomas J.
AU - Matthews, Iain Mc Combe
AU - Maxwell, Connie J.
AU - McFarland, Kent P.
AU - McGill, Brian J.
AU - McKnight, Diane Marie
AU - McWilliam, Michael J.
AU - Meador, Jason
AU - Meesenburg, Henning
AU - Meier, Kristin
AU - Melecis, Viesturs
AU - Meserve, Peter L.
AU - Meyer, Christoph F.J.
AU - Michelsen, Anders
AU - Miiller, Natali Oliva Roman
AU - Milardi, Marco
AU - Milchakova, Nataliya
AU - Miller, Robert J.
AU - Millett, Jonathan
AU - Moens, Tom
AU - Montag, Luciano F.A.
AU - Moore, Jon
AU - Müller, Jörg
AU - Murali, Akhil
AU - Murray, Shauna Ann
AU - Myers-Smith, Isla H.
AU - Myster, Randall W.
AU - Nakamura, Masahiro
AU - Nayar, Sasi
AU - Neat, Francis
AU - Nelson, James A.
AU - Nelson, Michael Paul
AU - Nikolov, Boris P.
AU - Nouioua, Rym
AU - Nsor, Collins Ayine
AU - O'Connor, Michael
AU - Obodai, Edward Adzesiwor
AU - Offland, Amy Marie
AU - Ogaya, Romà
AU - Ogura, Hisako
AU - Okey, Thomas A.
AU - Olden, Julian D.
AU - Oliveira-Santos, Luiz Gustavo Rodrigues
AU - Oliver, Jeffrey C.
AU - Olsen, Esben Moland
AU - Onipchenko, Vladimir G.
AU - Oro, Daniel
AU - Ozolins, Davis
AU - Pabis, Krzysztof
AU - Padedda, Bachisio Mario
AU - Palacio, Facundo X.
AU - Paquette, Alain
AU - Pardede, Sinta Trilestari
AU - Paterson, David M.
AU - Pausina, Sarah
AU - Pélissier, Raphaël
AU - Pennings, Steven C.
AU - Penuelas, Josep
AU - Pereira, Felipe Walter
AU - Peroni, Nivaldo
AU - Picó, Sergio
AU - Pilotto, Francesca
AU - Pinheiro, Hudson Tercio
AU - Pizarro, Oscar
AU - Pizzolotto, Roberto
AU - Pomati, Francesco
AU - Pompeu, Paulo Santos
AU - Ponton, Dominique
AU - Post, Eric
AU - Poulet, Nicolas
AU - Pöyry, Juha
AU - Presley, Steven J.
AU - Prins, Herbert H.T.
AU - Provoost, Pieter
AU - Prudic, Kathleen L.
AU - Punjayil, Vignesh
AU - Pyšek, Petr
AU - Querner, Pascal
AU - Quimbayo, Juan Pablo
AU - Ramnarine, Indar W.
AU - Reed, Daniel C.
AU - Reich, Peter Bernard
AU - Remillard, Suzanne M.
AU - Richards, Cerren
AU - Richardson, Anthony James
AU - van Rijn, Itai
AU - Rivera-Monroy, Victor H.
AU - Rixen, Christian
AU - Robinson, Kevin Peter
AU - Rocha, Ricardo
AU - Rodrigues, Ricardo R.
AU - Rodrigues, Cassy
AU - de Roos, Bjørn
AU - de Rossa-Feres, Denise de C.
AU - Rosselli, Loreta
AU - Rothlisberg, Peter Charles
AU - Rubio, Ana
AU - Rudstam, Lars G.
AU - Ruz, Catalina S.
AU - Rybicki, Nancy B.
AU - Van Ryckegem, Gunther
AU - Rypel, Andrew L.
AU - Sadler, Jon P.
AU - Saito, Victor Satoru
AU - Sal, Sofia
AU - Salomão, Renato Portela
AU - Sanders, Nathan J.
AU - Santos, Flavio A.M.
AU - dos Santos, Tiago Gomes
AU - Sarker, Swapan Kumar
AU - Scanga, Sara E.
AU - Schaub, Marcus
AU - Schmidt, Jochen
AU - Schmidt, Inger Kappel
AU - Schooley, Robert L.
AU - Schultz, Alfred
AU - Scotti, Alberto
AU - Serpell-Stevens, Amanda
AU - Serrano, Filipe C.
AU - Shadwick, Elizabeth H.
AU - Shaft, Matthew
AU - Sherry, Thomas W.
AU - Shimabukuro, Erika Mayumi
AU - Siciński, Jacek
AU - Sievers, Caya
AU - da Silva, Fernando Rodrigues
AU - da Silva, Ana Carolina
AU - Silveira, Juliana M.
AU - Siqueira, Tadeu
AU - Sivadasan, Arunkumar Kavidapadinjattathil
AU - Sivan, Prasad Theruvil Parambil
AU - Skuja, Agnija
AU - Slaughter, Amalia L.
AU - Slingsby, Jasper A.
AU - Smith, Joseph R.
AU - Soares, Bruno Eleres
AU - Solan, Martin
AU - Souza, Flaviana Maluf
AU - Souza, Gabriel B.G.
AU - Sprague, Joshua L.
AU - Stachow, Ulrich
AU - Stadt, J. John
AU - Stallings, Christopher D.
AU - Stanchev, Radoslav Hristov
AU - Stanley, Emily H.
AU - Starzomski, Brian M.
AU - Sterza, Jose Mauro
AU - Stevens, Maarten
AU - Stiles, F. Gary
AU - Stoll, Stefan
AU - Stuart-Smith, Rick D.
AU - Súarez, Yzel Rondon
AU - Super, Laura
AU - Supp, Sarah R.
AU - Sutela, Tapio
AU - Suthers, Iain M.
AU - Suuronen, Anna
AU - Swadling, Kerrie M.
AU - Szydlowski, Daniel K.
AU - Taki, Hisatomo
AU - Taylor, Sara Jeanne Snell
AU - Tedesco, Pablo A.
AU - Teichert, Nils
AU - Terui, Akira
AU - Thiede, Gary P.
AU - Thimonier, Anne
AU - Thomas, Oliver
AU - Thompson, Peter Allan
AU - Thorn, Simon
AU - Tiemann, Jeremy S.
AU - Toledo, Luís Felipe
AU - Tolvanen, Anne
AU - Toniato, Maria Teresa Zugliani
AU - Torre, Ignasi
AU - Tortato, Marcos Adriano
AU - Totsu, Kumiko
AU - Trant, Andrew
AU - Twilley, Robert R.
AU - Urabe, Hirokazu
AU - Valade, Pierre
AU - Valdivia, Nelson
AU - Vallejo, Martha Isabel
AU - Valone, Thomas J.
AU - Vanaverbeke, Jan
AU - Vasconcelos, Tiago Silveira
AU - Vehanen, Teppo
AU - Venturoli, Fábio
AU - Verheye, Hans M.
AU - Vermeulen, Hendrik Jannes Wietse
AU - Verstraeten, Arne
AU - Vianna, Marcelo
AU - Vieira, Rui
AU - Vieira-Alencar, João Paulo Santos
AU - Vilella, Marc
AU - Vitule, Jean Ricardo Simões
AU - Van Vu, Lien
AU - Waide, Robert B.
AU - Warren, Paige S.
AU - Wayman, Joseph Paul
AU - Webb, Sara L.
AU - Weigel, Benjamin
AU - Welti, Ellen A.R.
AU - West, Fritha
AU - Westermann, Fulgor
AU - Whalen, Matthew A.
AU - White, Ethan P.
AU - Widdicombe, Claire E.
AU - Williams, Richard
AU - Williamson, Mark
AU - Willig, Michael R.
AU - Wipf, Sonja
AU - Woehler, Eric J.
AU - Woldering, Alje
AU - Woods, Kerry D.
AU - Xu, Wu Bing
AU - Yahel, Ruthy
AU - Yang, Zeren
AU - Zawada, Kyle J.A.
AU - Zornosa-Torres, Camila
AU - Zvuloni, Assaf
N1 - Publisher Copyright: © 2025 The Author(s). Global Ecology and Biogeography published by John Wiley & Sons Ltd.
PY - 2025/5
Y1 - 2025/5
N2 - Motivation: Here, we make available a second version of the BioTIME database, which compiles records of abundance estimates for species in sample events of ecological assemblages through time. The updated version expands version 1.0 of the database by doubling the number of studies and includes substantial additional curation to the taxonomic accuracy of the records, as well as the metadata. Moreover, we now provide an R package (BioTIMEr) to facilitate use of the database. Main Types of Variables Included: The database is composed of one main data table containing the abundance records and 11 metadata tables. The data are organised in a hierarchy of scales where 11,989,233 records are nested in 1,603,067 sample events, from 553,253 sampling locations, which are nested in 708 studies. A study is defined as a sampling methodology applied to an assemblage for a minimum of 2 years. Spatial Location and Grain: Sampling locations in BioTIME are distributed across the planet, including marine, terrestrial and freshwater realms. Spatial grain size and extent vary across studies depending on sampling methodology. We recommend gridding of sampling locations into areas of consistent size. Time Period and Grain: The earliest time series in BioTIME start in 1874, and the most recent records are from 2023. Temporal grain and duration vary across studies. We recommend doing sample-level rarefaction to ensure consistent sampling effort through time before calculating any diversity metric. Major Taxa and Level of Measurement: The database includes any eukaryotic taxa, with a combined total of 56,400 taxa. Software Format: csv and. SQL.
AB - Motivation: Here, we make available a second version of the BioTIME database, which compiles records of abundance estimates for species in sample events of ecological assemblages through time. The updated version expands version 1.0 of the database by doubling the number of studies and includes substantial additional curation to the taxonomic accuracy of the records, as well as the metadata. Moreover, we now provide an R package (BioTIMEr) to facilitate use of the database. Main Types of Variables Included: The database is composed of one main data table containing the abundance records and 11 metadata tables. The data are organised in a hierarchy of scales where 11,989,233 records are nested in 1,603,067 sample events, from 553,253 sampling locations, which are nested in 708 studies. A study is defined as a sampling methodology applied to an assemblage for a minimum of 2 years. Spatial Location and Grain: Sampling locations in BioTIME are distributed across the planet, including marine, terrestrial and freshwater realms. Spatial grain size and extent vary across studies depending on sampling methodology. We recommend gridding of sampling locations into areas of consistent size. Time Period and Grain: The earliest time series in BioTIME start in 1874, and the most recent records are from 2023. Temporal grain and duration vary across studies. We recommend doing sample-level rarefaction to ensure consistent sampling effort through time before calculating any diversity metric. Major Taxa and Level of Measurement: The database includes any eukaryotic taxa, with a combined total of 56,400 taxa. Software Format: csv and. SQL.
KW - assemblage
KW - biodiversity
KW - community
KW - database
KW - ecoinformatics
KW - species
KW - taxa
KW - time
UR - https://www.scopus.com/pages/publications/105013766784
U2 - 10.1111/geb.70003
DO - 10.1111/geb.70003
M3 - Article
AN - SCOPUS:105013766784
SN - 1466-822X
VL - 34
JO - Global Ecology and Biogeography
JF - Global Ecology and Biogeography
IS - 5
M1 - e70003
ER -