Abstract
The progression of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic in Africa has so far been heterogeneous, and the full impact is not yet well understood. In this study, we describe the genomic epidemiology using a dataset of 8746 genomes from 33 African countries and two overseas territories. We show that the epidemics in most countries were initiated by importations predominantly from Europe, which diminished after the early introduction of international travel restrictions. As the pandemic progressed, ongoing transmission in many countries and increasing mobility led to the emergence and spread within the continent of many variants of concern and interest, such as B.1.351, B.1.525, A.23.1, and C.1.1. Although distorted by low sampling numbers and blind spots, the findings highlight that Africa must not be left behind in the global pandemic response, otherwise it could become a source for new variants.
| Original language | English |
|---|---|
| Pages (from-to) | 423-431 |
| Number of pages | 9 |
| Journal | Science |
| Volume | 374 |
| Issue number | 6566 |
| DOIs | |
| Publication status | Published - 22 Oct 2021 |
Fingerprint
Dive into the research topics of 'A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa'. Together they form a unique fingerprint.Cite this
- APA
- Author
- BIBTEX
- Harvard
- Standard
- RIS
- Vancouver
}
In: Science, Vol. 374, No. 6566, 22.10.2021, p. 423-431.
Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
TY - JOUR
T1 - A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa
AU - Wilkinson, Eduan
AU - Giovanetti, Marta
AU - Tegally, Houriiyah
AU - San, James E.
AU - Lessells, Richard
AU - Cuadros, Diego
AU - Martin, Darren P.
AU - Rasmussen, David A.
AU - Zekri, Abdel Rahman N.
AU - Sangare, Abdoul K.
AU - Ouedraogo, Abdoul Salam
AU - Sesay, Abdul K.
AU - Priscilla, Abechi
AU - Kemi, Adedotun Sulaiman
AU - Olubusuyi, Adewunmi M.
AU - Oluwapelumi, Adeyemi O.O.
AU - Hammami, Adnène
AU - Amuri, Adrienne A.
AU - Sayed, Ahmad
AU - Ouma, Ahmed E.O.
AU - Elargoubi, Aida
AU - Ajayi, Nnennaya A.
AU - Victoria, Ajogbasile F.
AU - Kazeem, Akano
AU - George, Akpede
AU - Trotter, Alexander J.
AU - Yahaya, Ali A.
AU - Keita, Alpha K.
AU - Diallo, Amadou
AU - Kone, Amadou
AU - Souissi, Amal
AU - Chtourou, Amel
AU - Gutierrez, Ana V.
AU - Page, Andrew J.
AU - Vinze, Anika
AU - Iranzadeh, Arash
AU - Lambisia, Arnold
AU - Ismail, Arshad
AU - Rosemary, Audu
AU - Sylverken, Augustina
AU - Femi, Ayoade
AU - Ibrahimi, Azeddine
AU - Marycelin, Baba
AU - Oderinde, Bamidele S.
AU - Bolajoko, Bankole
AU - Dhaala, Beatrice
AU - Herring, Belinda L.
AU - Njanpop-Lafourcade, Berthe Marie
AU - Kleinhans, Bronwyn
AU - McInnis, Bronwyn
AU - Tegomoh, Bryan
AU - Brook, Cara
AU - Pratt, Catherine B.
AU - Scheepers, Cathrine
AU - Akoua-Koffi, Chantal G.
AU - Agoti, Charles N.
AU - Peyrefitte, Christophe
AU - Daubenberger, Claudia
AU - Morang’a, Collins M.
AU - James Nokes, D.
AU - Amoako, Daniel G.
AU - Bugembe, Daniel L.
AU - Park, Danny
AU - Baker, David
AU - Doolabh, Deelan
AU - Ssemwanga, Deogratius
AU - Tshiabuila, Derek
AU - Bassirou, Diarra
AU - Amuzu, Dominic S.Y.
AU - Goedhals, Dominique
AU - Omuoyo, Donwilliams O.
AU - Maruapula, Dorcas
AU - Foster-Nyarko, Ebenezer
AU - Lusamaki, Eddy K.
AU - Simulundu, Edgar
AU - Ong’era, Edidah M.
AU - Ngabana, Edith N.
AU - Shumba, Edwin
AU - El Fahime, Elmostafa
AU - Lokilo, Emmanuel
AU - Mukantwari, Enatha
AU - Philomena, Eromon
AU - Belarbi, Essia
AU - Simon-Loriere, Etienne
AU - Anoh, Etilé A.
AU - Leendertz, Fabian
AU - Ajili, Faida
AU - Enoch, Fakayode O.
AU - Wasfi, Fares
AU - Abdelmoula, Fatma
AU - Mosha, Fausta S.
AU - Takawira, Faustinos T.
AU - Derrar, Fawzi
AU - Bouzid, Feriel
AU - Onikepe, Folarin
AU - Adeola, Fowotade
AU - Muyembe, Francisca M.
AU - Tanser, Frank
AU - Dratibi, Fred A.
AU - Mbunsu, Gabriel K.
AU - Thilliez, Gaetan
AU - Kay, Gemma L.
AU - Githinji, George
AU - van Zyl, Gert
AU - Awandare, Gordon A.
AU - Schubert, Grit
AU - Maphalala, Gugu P.
AU - Ranaivoson, Hafaliana C.
AU - Lemriss, Hajar
AU - Anise, Happi
AU - Abe, Haruka
AU - Karray, Hela H.
AU - Nansumba, Hellen
AU - Elgahzaly, Hesham A.
AU - Gumbo, Hlanai
AU - Smeti, Ibtihel
AU - Ayed, Ikhlas B.
AU - Odia, Ikponmwosa
AU - Boubaker, Ilhem Boutiba Ben
AU - Gaaloul, Imed
AU - Gazy, Inbal
AU - Mudau, Innocent
AU - Ssewanyana, Isaac
AU - Konstantinus, Iyaloo
AU - Lekana-Douk, Jean B.
AU - Makangara, Jean Claude C.
AU - Tamfum, Jean Jacques M.
AU - Heraud, Jean Michel
AU - Shaffer, Jeffrey G.
AU - Giandhari, Jennifer
AU - Li, Jingjing
AU - Yasuda, Jiro
AU - Mends, Joana Q.
AU - Kiconco, Jocelyn
AU - Morobe, John M.
AU - Gyapong, John O.
AU - Okolie, Johnson C.
AU - Kayiwa, John T.
AU - Edwards, Johnathan A.
AU - Gyamfi, Jones
AU - Farah, Jouali
AU - Nakaseegu, Joweria
AU - Ngoi, Joyce M.
AU - Namulondo, Joyce
AU - Andeko, Julia C.
AU - Lutwama, Julius J.
AU - O’Grady, Justin
AU - Siddle, Katherine
AU - Adeyemi, Kayode T.
AU - Tumedi, Kefentse A.
AU - Said, Khadija M.
AU - Hae-Young, Kim
AU - Duedu, Kwabena O.
AU - Belyamani, Lahcen
AU - Fki-Berrajah, Lamia
AU - Singh, Lavanya
AU - Martins, Leonardo de O.
AU - Tyers, Lynn
AU - Ramuth, Magalutcheemee
AU - Mastouri, Maha
AU - Aouni, Mahjoub
AU - el Hefnawi, Mahmoud
AU - Matsheka, Maitshwarelo I.
AU - Kebabonye, Malebogo
AU - Diop, Mamadou
AU - Turki, Manel
AU - Paye, Marietou
AU - Nyaga, Martin M.
AU - Mareka, Mathabo
AU - Damaris, Matoke Muhia
AU - Mburu, Maureen W.
AU - Mpina, Maximillian
AU - Nwando, Mba
AU - Owusu, Michael
AU - Wiley, Michael R.
AU - Youtchou, Mirabeau T.
AU - Ayekaba, Mitoha O.
AU - Abouelhoda, Mohamed
AU - Seadawy, Mohamed G.
AU - Khalifa, Mohamed K.
AU - Sekhele, Mooko
AU - Ouadghiri, Mouna
AU - Diagne, Moussa M.
AU - Mwenda, Mulenga
AU - Allam, Mushal
AU - Phan, My V.T.
AU - Abid, Nabil
AU - Touil, Nadia
AU - Rujeni, Nadine
AU - Kharrat, Najla
AU - Ismael, Nalia
AU - Dia, Ndongo
AU - Mabunda, Nedio
AU - Hsiao, Nei Yuan
AU - Silochi, Nelson B.
AU - Nsenga, Ngoy
AU - Gumede, Nicksy
AU - Mulder, Nicola
AU - Ndodo, Nnaemeka
AU - Razanajatovo, Norosoa H.
AU - Iguosadolo, Nosamiefan
AU - Judith, Oguzie
AU - Kingsley, Ojide C.
AU - Sylvanus, Okogbenin
AU - Peter, Okokhere
AU - Femi, Oladiji
AU - Idowu, Olawoye
AU - Testimony, Olumade
AU - Chukwuma, Omoruyi E.
AU - Ogah, Onwe E.
AU - Onwuamah, Chika K.
AU - Cyril, Oshomah
AU - Faye, Ousmane
AU - Tomori, Oyewale
AU - Ondoa, Pascale
AU - Combe, Patrice
AU - Semanda, Patrick
AU - Oluniyi, Paul E.
AU - Arnaldo, Paulo
AU - Quashie, Peter K.
AU - Dussart, Philippe
AU - Bester, Phillip A.
AU - Mbala, Placide K.
AU - Ayivor-Djanie, Reuben
AU - Njouom, Richard
AU - Phillips, Richard O.
AU - Gorman, Richmond
AU - Kingsley, Robert A.
AU - Carr, Rosina A.A.
AU - El Kabbaj, Saâd
AU - Gargouri, Saba
AU - Masmoudi, Saber
AU - Sankhe, Safietou
AU - Lawal, Salako B.
AU - Kassim, Samar
AU - Trabelsi, Sameh
AU - Metha, Samar
AU - Kammoun, Sami
AU - Lemriss, Sanaâ
AU - Agwa, Sara H.A.
AU - Calvignac-Spencer, Sébastien
AU - Schaffner, Stephen F.
AU - Doumbia, Seydou
AU - Mandanda, Sheila M.
AU - Aryeetey, Sherihane
AU - Ahmed, Shymaa S.
AU - Elhamoumi, Siham
AU - Andriamandimby, Soafy
AU - Tope, Sobajo
AU - Lekana-Douki, Sonia
AU - Prosolek, Sophie
AU - Ouangraoua, Soumeya
AU - Mundeke, Steve A.
AU - Rudder, Steven
AU - Panji, Sumir
AU - Pillay, Sureshnee
AU - Engelbrecht, Susan
AU - Nabadda, Susan
AU - Behillil, Sylvie
AU - Budiaki, Sylvie L.
AU - van der Werf, Sylvie
AU - Mashe, Tapfumanei
AU - Aanniz, Tarik
AU - Mohale, Thabo
AU - Le-Viet, Thanh
AU - Schindler, Tobias
AU - Anyaneji, Ugochukwu J.
AU - Chinedu, Ugwu
AU - Ramphal, Upasana
AU - Jessica, Uwanibe
AU - George, Uwem
AU - Fonseca, Vagner
AU - Enouf, Vincent
AU - Gorova, Vivianne
AU - Roshdy, Wael H.
AU - Ampofo, William K.
AU - Preiser, Wolfgang
AU - Choga, Wonderful T.
AU - Bediako, Yaw
AU - Naidoo, Yeshnee
AU - Butera, Yvan
AU - de Laurent, Zaydah R.
AU - Sall, Amadou A.
AU - Rebai, Ahmed
AU - von Gottberg, Anne
AU - Kouriba, Bourema
AU - Williamson, Carolyn
AU - Bridges, Daniel J.
AU - Chikwe, Ihekweazu
AU - Bhiman, Jinal N.
AU - Mine, Madisa
AU - Cotten, Matthew
AU - Moyo, Sikhulile
AU - Gaseitsiwe, Simani
AU - Saasa, Ngonda
AU - Sabeti, Pardis C.
AU - Kaleebu, Pontiano
AU - Tebeje, Yenew K.
AU - Tessema, Sofonias K.
AU - Happi, Christian
AU - Nkengasong, John
AU - de Oliveira, Tulio
N1 - Publisher Copyright: © 2021 American Association for the Advancement of Science. All rights reserved.
PY - 2021/10/22
Y1 - 2021/10/22
N2 - The progression of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic in Africa has so far been heterogeneous, and the full impact is not yet well understood. In this study, we describe the genomic epidemiology using a dataset of 8746 genomes from 33 African countries and two overseas territories. We show that the epidemics in most countries were initiated by importations predominantly from Europe, which diminished after the early introduction of international travel restrictions. As the pandemic progressed, ongoing transmission in many countries and increasing mobility led to the emergence and spread within the continent of many variants of concern and interest, such as B.1.351, B.1.525, A.23.1, and C.1.1. Although distorted by low sampling numbers and blind spots, the findings highlight that Africa must not be left behind in the global pandemic response, otherwise it could become a source for new variants.
AB - The progression of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic in Africa has so far been heterogeneous, and the full impact is not yet well understood. In this study, we describe the genomic epidemiology using a dataset of 8746 genomes from 33 African countries and two overseas territories. We show that the epidemics in most countries were initiated by importations predominantly from Europe, which diminished after the early introduction of international travel restrictions. As the pandemic progressed, ongoing transmission in many countries and increasing mobility led to the emergence and spread within the continent of many variants of concern and interest, such as B.1.351, B.1.525, A.23.1, and C.1.1. Although distorted by low sampling numbers and blind spots, the findings highlight that Africa must not be left behind in the global pandemic response, otherwise it could become a source for new variants.
UR - https://www.scopus.com/pages/publications/85118485974
U2 - 10.1126/science.abj4336
DO - 10.1126/science.abj4336
M3 - Article
C2 - 34672751
AN - SCOPUS:85118485974
SN - 0036-8075
VL - 374
SP - 423
EP - 431
JO - Science
JF - Science
IS - 6566
ER -